関東圏のJR貨物線・支線・短絡線はこちら。
本記事ではJR東日本の関東圏以外の貨物線・支線・短絡線と、非JRの連絡線・短絡線をまとめた。
誤りや漏れがあればご指摘ください。
関東
JR東日本の関東圏貨物線・支線は別記事を参照。
秩父鉄道・西武秩父線
| 通称 | 区間 | 距離 | 乗車手段 |
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| 御花畑連絡線 | 御花畑〜西武秩父線（横瀬方） | ― | 西武線↔長瀞方面直通（土休日） |
| 西武秩父駅構内連絡線 | 西武秩父駅〜秩父鉄道（影森方） | ― | 西武線↔三峰口方面直通（土休日） |
秩父鉄道本線と合わせてデルタ線を形成。長瀞行きは御花畑連絡線経由で西武秩父駅を通らない。
御殿場線↔小田急小田原線
| 通称 | 区間 | 距離 | 乗車手段 |
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| 松田連絡線 | 松田駅〜新松田駅（JR御殿場線↔小田急小田原線） | ― | 特急「ふじさん」 |
北海道
函館本線
| 通称 | 区間 | 距離 | 乗車手段 |
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| 本線 | 函館〜旭川 | 423.1km | 定期列車 |
| 藤城支線（下り専用） | 七飯〜大沼 | 13.2km | 下り定期列車 |
| 砂原支線 | 大沼〜渡島砂原〜森 | 35.3km | 定期列車 |
藤城支線は勾配緩和のための下り別線。上り列車は本線（仁山経由）を走る。
千歳線
| 通称 | 区間 | 距離 | 乗車手段 |
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| 本線 | 沼ノ端〜白石 | 56.6km | 定期列車 |
| 空港支線 | 南千歳〜新千歳空港 | 2.6km | 快速エアポート等 |
室蘭本線
| 通称 | 区間 | 距離 | 乗車手段 |
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| 本線 | 長万部〜岩見沢 | 211.0km | 定期列車 |
| 室蘭支線 | 東室蘭〜室蘭 | 7.0km | 定期列車 |
海峡線
| 通称 | 区間 | 距離 | 乗車手段 |
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| 海峡線 | 中小国〜木古内 | 87.8km | 定期旅客列車なし |
北海道新幹線と在来線貨物列車が三線軌条を共用する区間。旅客は新幹線のみ。
東北
奥羽本線
| 通称 | 区間 | 距離 | 乗車手段 |
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| 本線 | 福島〜青森 | 484.5km | 奥羽本線 |
| 秋田港線 | 土崎〜秋田港 | 1.8km | 定期旅客列車なし |
秋田港線は別記事で詳述。2026年7月廃止予定。
東北本線（東北地区）
| 通称 | 区間 | 距離 | 乗車手段 |
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| 青森駅構内貨物支線 | 新青森〜青森信号場 | 4.8km | 定期旅客列車なし |
| 宮城野貨物線 | 長町〜仙台貨物ターミナル〜東仙台 | ― | 定期旅客列車なし |
| 仙石線連絡線 | 松島付近（東北本線↔仙石線） | 約0.3km | 仙石東北ライン |
| 利府支線 | 岩切〜利府 | 4.2km | 定期列車 |
青森駅付近では新青森〜青森信号場間の貨物支線が東北本線とデルタ線を形成する。
羽越本線
| 通称 | 区間 | 距離 | 乗車手段 |
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| 酒田港線 | 酒田〜酒田港 | 2.7km | 定期旅客列車なし |
仙石線
| 通称 | 区間 | 距離 | 乗車手段 |
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| 石巻港支線 | 陸前山下〜石巻港 | 1.8km | 定期旅客列車なし |
中部・東海
東海道本線（中部地区）
| 通称 | 区間 | 距離 | 乗車手段 |
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| 稲沢線（並行貨物線） | 名古屋〜稲沢 | ― | 定期旅客列車なし |
| 美濃赤坂支線 | 大垣〜美濃赤坂 | 5.0km | 定期列車 |
| 新垂井線（下り別線） | 南荒尾信号場〜関ケ原 | ― | 定期旅客列車なし |
| 名古屋港線 | 山王信号場〜名古屋港 | 6.2km | 2024年4月廃止 |
新垂井線は勾配緩和のための下り別線。旅客列車は上下とも本線（垂井経由）を走る。
中央本線
| 通称 | 区間 | 距離 | 乗車手段 |
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| 辰野支線 | 岡谷〜辰野 | 27.7km | 定期列車 |
| 塩尻駅構内連絡線 | 中央東線↔中央西線直通 | ― | 特急しなの等 |
辰野支線はかつての中央本線のルート。塩尻駅構内の連絡線は中央東線と中央西線を直通するための配線。
信越本線
| 通称 | 区間 | 距離 | 乗車手段 |
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| 新潟貨物ターミナル支線 | 越後石山〜新潟貨物ターミナル | 2.4km | 定期旅客列車なし |
| 焼島支線 | 上沼垂信号場〜焼島〜東新潟港 | 3.8km | 定期旅客列車なし |
北陸本線
| 通称 | 区間 | 距離 | 乗車手段 |
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| 敦賀港線 | 敦賀〜敦賀港 | 2.7km | 2019年休止 |
新湊線
| 路線名 | 区間 | 距離 | 乗車手段 |
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| 新湊線 | 能町〜高岡貨物 | 1.9km | 定期旅客列車なし |
関西本線
| 通称 | 区間 | 距離 | 乗車手段 |
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| 塩浜支線 | 四日市〜塩浜 | 3.3km | 定期旅客列車なし |
関西
東海道本線（関西地区）
| 通称 | 区間 | 距離 | 乗車手段 |
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| 北方貨物線 | 吹田貨物ターミナル〜尼崎 | 12.2km | 定期旅客列車なし |
| 梅田貨物線 | 吹田貨物ターミナル〜新大阪〜大阪〜西九条 | 12.6km | 特急はるか・くろしお等 |
| 京都貨物線（並行貨物線） | 京都〜京都貨物〜向日町 | ― | 定期旅客列車なし |
| 大阪貨物ターミナル支線 | 吹田貨物ターミナル〜大阪貨物ターミナル | 8.7km | 定期旅客列車なし |
北方貨物線は別記事で詳述。梅田貨物線は新大阪付近で東海道本線から分岐し、2023年開業の大阪駅うめきた地下ホームを経由して西九条に至る。特急はるか・くろしおが経由。京都〜向日町間は旅客線（複々線）と並行して貨物線が敷設されており、京都貨物駅（旧・梅小路駅）が所在する。
山陽本線
| 通称 | 区間 | 距離 | 乗車手段 |
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| 和田岬線 | 兵庫〜和田岬 | 2.7km | 定期列車 |
関西本線（関西地区）
| 通称 | 区間 | 距離 | 乗車手段 |
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| 百済貨物ターミナル支線 | 平野〜百済貨物ターミナル | 1.4km | 定期旅客列車なし |
片町線
| 通称 | 区間 | 距離 | 乗車手段 |
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| 城東貨物北連絡線 | 神崎川信号場〜吹田貨物ターミナル | ― | 定期旅客列車なし |
| 城東貨物南連絡線 | 正覚寺信号場〜平野 | ― | 定期旅客列車なし |
片町線の本線から孤立した貨物支線。おおさか東線の途中（神崎川信号場・正覚寺信号場）で接続し、貨物列車は吹田貨物ターミナル→北連絡線→おおさか東線（JR貨物が第二種事業者として共用）→南連絡線→平野→百済貨物ターミナルの経路で走行する。
阪和貨物線
| 通称 | 区間 | 距離 | 乗車手段 |
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| 阪和貨物線 | 八尾〜杉本町 | 11.3km | 2009年廃止 |
関西本線と阪和線を短絡する貨物線。2004年運行終了、2009年事業免許廃止。
近鉄
| 通称 | 区間 | 距離 | 乗車手段 |
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| 中川短絡線 | 伊勢中川駅付近（大阪線↔名古屋線） | ― | 名阪特急等 |
| 新ノ口短絡線 | 新ノ口〜大和八木（橿原線↔大阪線） | ― | 京都↔橿原神宮前方面直通 |
| 八木西口短絡線 | 真菅〜八木西口（大阪線↔橿原線） | ― | 定期旅客列車なし |
大和八木駅付近では新ノ口短絡線・八木西口短絡線と本線でデルタ線を形成する。
中国・四国・九州
鹿児島本線
| 通称 | 区間 | 距離 | 乗車手段 |
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| 鹿児島本線貨物線（並行貨物線） | 門司〜黒崎 | ― | 定期旅客列車なし |
| 博多臨港線（福岡貨物ターミナル支線） | 香椎〜福岡貨物ターミナル | 3.7km | 定期旅客列車なし |
| 黒崎〜折尾短絡線 | 黒崎〜折尾（筑豊方面） | ― | 定期旅客列車なし |